После революции 1917 года небольшой поселок Пущино принадлежал Серпуховскому району. Длительное время населенный пункт не развивался. Военные действия Гражданской и Великой Отечественной войны обошли его стороной. Многие жители ушли на фронт в 1941 году, сам район практически не пострадал.
Своим появлением город обязан развитию советской науки. Для развития биологической сферы в 1958 году было принято решение основать небольшой город на берегу реки Оки. Первыми постройками были рабочие бараки для строителей. После них на территории современного города появились высокие многоэтажные дома. Одновременно с ними был построен центр биологических исследований.
Именно научное предприятие стало основой для образования будущего города. За двадцать лет небольшой поселок вырос до размеров маленького городка. В 1975 году Пущино получил статус районного подчинения. Постоянное финансирование привело к развитию населенного пункта. Были открыты школы, больницы и построены новые жилые районы.
В 2005 году город вырос до размеров населенного пункта областного подчинения, а еще через несколько лет получил статус наукограда, каким и остается до сегодняшнего дня.